Durante la obra de evangelización de la Nueva España que llevaron a cabo tres órdenes principales, los franciscanos, los dominicos y los agustinos, y que iniciaron su trabajo después de consumada la conquista, fueron éstos últimos los que más se distinguieron por la majestuosidad y el lujo de sus construcciones. Los primeros 7 agustinos que llegaron, arribaron a las playas veracruzanas en mayo del año 1533 y con toda pobreza y humildad hicieron a pie el trayecto hasta la capital del virreinato para llegar en junio del mismo año. En un principio se establecieron en el convento de Santo Domingo y posteriormente en una casa que les fue prestada en la calle de Tacuba. Ante sus rogativas de que les fuera proporcionado un solar donde edificar su vivienda, la Real Audiencia les concedió un lugar llamado Zoquipan, cuyo significado era “lugar en el lodo”, ya que en ese lugar brotaba un manantial. A pesar de lo cenagoso del terreno y a todas luces impropio para edificar, los agustinos empezaron su convento poniendo la primera piedra el mismo Virrey don Antonio de Mendoza. Posteriormente, gracias a la presión en España de algunos agustinos importantes en la corte de Carlos V, éste les concedió las rentas de un pueblo, siendo señalado por el virrey para estos fines, Texcoco. Otro factor que demuestra el mucho peso que tenían los agustinos en la corte, es que el rey les regaló ciento sesenta y dos mil doscientos pesos, suma considerable para aquellas épocas. La suerte de los frailes recién llegados no se detuvo en ese punto, pues la princesa Isabel de Moctezuma, hija del emperador, tomó la iglesia bajo su patrocinio y la dotó con largueza. Así, la obra del convento continuó en medio de grandes dificultades, ya que a pesar de que se tabla estacó el terreno y se bombeó el agua para desecarlo, las grandes piedras de la cimentación continuaron hundiéndose hasta que se consolidó el terreno y se colocaron grandes bloques asentados con mezcla, lo cual permitió continuar el desplante de los muros y de ese modo terminar la estructura. Para el año de 1587 se concluyó una lujosísima iglesia cubierta con un alfarje de madera encasetonado que se desplantaba sobre arcos torales de piedra. Esta iglesia puede apreciarse con una torre de dos cuerpos rematada con un chapitel dorado; quien quiera corroborar esta imagen puede verla en el plano en perspectiva que hizo el maestro mayor de arquitectura Juan Gómez de Trasmonte en 1628. Una reproducción de este plano puede apreciarse en los muros del patio del museo de la ciudad de México. La iglesia tuvo ricas capillas laterales por ambos lados y fue el lugar escogido para enterrar a los difuntos de muchas familias nobles de importancia política o religiosa, familias que pagaban cuantiosas sumas por este derecho. Ahí fueron sepultadas personalidades como conquistadores, personajes legendarios como los hermanos Ávila (ajusticiados por participar en la conjura de Martín Cortés), artistas famosos como Luis Juárez, varios obispos y virreyes. Más tarde, durante el siglo XVII también fueron sepultadas en ese sitio celebridades del arte como Cristóbal de Villapando, Miguel de Herrera, y Nicolás Rodríguez Juárez.
Sin embargo, quiso la fortuna que esta majestuosa iglesia tuviera un trágico destino: el 16 de diciembre de 1676 un voraz incendio destruyó la iglesia y sus capillas, lográndose salvar el resto del convento mientras el incendio, que duró tres días y tres noches, consumía totalmente la iglesia. Los agustinos pronto se sobrepusieron a la adversidad e iniciaron la reconstrucción de su templo el día 22 de mayo del año siguiente. Se trabajó con tal eficacia e intensidad que quince años después, el 18 de agosto de 1691 se cerró el cimborrio que servía de base a la cúpula y el templo se estrenó con gran pompa el 14 de diciembre de 1692, exactamente dieciséis años después del incendio.
Después de haber visto consumir por las llamas el maravilloso templo, los arquitectos de la orden prescindieron del alfarje de madera y la iglesia fue techada con bóveda pétrea y muros de mampostería de cal y canto. De planta de cruz latina, el espacio interior de la iglesia era majestuoso. De bóveda de medio cañón con lunetos, se desplanta sobre un entablamento clásico sostenido por altas pilastras entre las que se encuentran las capillas; tiene naves laterales con seis capillas por lado, el frente da hacia el norte y la portada principal constituyó uno de los más ricos ejemplos del barroco mexicano. En ella aparecen ya las columnas salomónicas y el relieve con la figura de San Agustín que adorna la fachada, es uno de los mejores del arte mexicano. Afortunadamente se conserva hasta nuestros días.
Aunque originalmente se habían proyectado dos torres, solamente se concluyó la del poniente y la base de la del oriente; en la actualidad, de estas torres no queda ningún vestigio. Al poniente del crucero se encontraba la capilla de la Tercera Orden que fue dedicada en 1714, con cúpula octagonal rematada con una linternilla.
El ornato del interior de la iglesia, del que no quedan ya más que las descripciones de los cronistas, era en verdad espléndido. El retablo mayor era de madera dorada y estofada y lo realizó el maestro escultor y ensamblador Tomas Juárez en la carpintería de lo blanco y dorado, y lo pintaron los maestros Simón y Nicolás Espinosa. De las pinturas que lucían los muros, afortunadamente se han salvado la mayoría, joyas de lo mejor del arte universal como las de Sebastián de Arteaga, Zurbarán, Simón Peyrens, Villalpando y Cabrera. Auténticas maravillas como el trono de plata maciza, o la túnica de Nuestra Señora de la Paz bordada con más de sesenta mil perlas de diversos tamaños. Salvo las pinturas, de lo demás solo queda el recuerdo. Como mudo testigo de esa grandeza, lo único que queda es un prodigio del arte virreinal mexicano que aún podemos admirar gracias a la intervención del entonces director de la preparatoria don Vidal de Castañeda y Nájera que logró rescatar del abandono la sillería del coro, portento de ebanistería en madera de nogal terminada en el año de 1702. Fue colocada nuevamente entre 1890 y 1894 y aunque no esté completa del todo, hoy podemos admirarla en el salón conocido como El Generalito en el actual Museo de San Ildefonso.
Según los relatos de algunos cronistas como Cervantes de Salazar, desde el siglo XVI el convento era enorme y sus naves espaciosas con los pisos bajos abovedados. Como era usual en este tipo de edificaciones, contaba con un claustro con celdas dormitorio, sala de profundis, refectorio y una de las bibliotecas más grandes del virreinato: tan sólo de ella cuando la incautación de los bienes del clero durante el siglo XIX, se sacaron seis mil setecientos cuarenta y cuatro volúmenes que fueron a integrar el acervo de la Biblioteca Nacional. Ocupando entera una enorme manzana, el antiguo convento de San Agustín fue uno de los más grandes de la capital del virreinato. Era tanto el poder y la influencia de los agustinos que para comunicarse con el noviciado que estaba en la manzana anexa y de la que lo separaba una calle, tendieron un arco sobre ella. Este arco dio el nombre a esa calle que se conoció como Calle del Arco de san Agustín (hoy calle de República Del Salvador). Como una singularidad urbana, todavía existía a principios del XIX y fue demolido hasta 1828. En la actualidad, del gigantesco y fastuoso convento queda muy poco; tan sólo sobrevive la iglesia que fue convertida en la Biblioteca Nacional.
Durante las sacudidas políticas y sociales que sufrió nuestro país en el siglo XIX al triunfo de la Reforma, dentro de los conventos destruidos y dañados en forma irreversible resultó el de San Agustín. La iglesia comenzó a ser arrasada desde 1861 y al decir de los cronistas como Rivera Cambas, los libros y folios de la biblioteca estaban esparcidos por los suelos a merced de quien quisiera llevárselos. Los altares barrocos fueron destruidos y la maravillosa sillería logró salvarse gracias a que por el valor de su madera y el primor de sus tallas fue arrumbada en una bodega.
Después de la caída de Maximiliano se materializó un proyecto que existía desde años atrás, el de realizar una biblioteca nacional. Con este objeto, se decidió dedicar a este fin la iglesia de san Agustín. Se llevaron a cabo varios proyectos entre los cuales una de sus condicionantes era cambiar al edificio su forma de iglesia; el proyecto aprobado fue el diseño de los arquitectos Vicente Heredia y Eleuterio Méndez, ambos hábiles y afamados profesionistas que lo lograron con maestría por medio de la adición de nuevas fachadas al norte y al poniente y añadiendo junto con éstas elementos clásicos como la escultura de Minerva y las cariátides pareadas que flanquean el óculo octogonal de la portada norte, la cual remata en un frontón curvo que sostiene el pedestal para el astabandera. Se demolió la torre del campanario y se quitaron las linternillas de ambas cúpulas, los pretiles cambiaron su aspecto por medio de pedestales con macetones neoclásicos. La fachada barroca del Tercer Orden con el Cristo entre dos columnas salomónicas todavía se veía en 1904. Después para ser terminada en 1910, fue ocultada sin destruirla totalmente por la neoclásica actual con un balcón entre dos pares de columnas clásicas y un frontón curvo, obra del ingeniero Alberto Robles Gil.
El muro de piedra que formado por arcos invertidos, circundaba el atrio, fue substituido por un enrejado soportado de trecho en trecho por pilares de cantera, rematados con los bustos de veinte mexicanos ilustres. En los interiores colocaron una galería de columnas jónicas a cada lado del vestíbulo, y en los arcos de las capillas se pusieron magníficos libreros de cedro. Correspondiendo a cada pilastra que divide el salón por ambos lados, se colocaron dieciséis figuras de humanistas y filósofos de la antigüedad, estupendas figuras hechas en yeso por los más destacados escultores de la academia como Miguel Noreña , Epitacio Calvo o Gabriel Guerra. Así, la antes maravillosa iglesia barroca y después solemne biblioteca, fue inaugurada el día 2 de abril de 1884 por el entonces Presidente de la República, el General Manuel González. Cuando se puso en servicio, contaba con más de noventa mil volúmenes entre los que se encontraban valiosos incunables provenientes de la Real y Pontificia Universidad y de varios conventos incautados. En el año de 1929 cuando la UNAM obtuvo su autonomía, la biblioteca formó parte de ella. Cuando en 1967 se creó el Instituto de Investigaciones Bibliográficas, cuyo fin es la administración de la Biblioteca y la Hemeroteca Nacional, éstas fueron trasladadas en 1979 al edificio ubicado en el Centro Cultural Universitario que alberga el fondo monumental. Hoy en día la Biblioteca Nacional cuenta con más de doscientos cincuenta mil volúmenes.
El antiguo edificio de la Biblioteca Nacional ubicado en la calle de Isabel La Católica y República de Uruguay, desde que dejó de ser biblioteca ha sufrido los embates del tiempo. El edificio ha sufrido hundimientos diferenciales hacia el sur poniente, se han presentado múltiples grietas en las bóvedas, fachadas y elementos ornamentales, y los sismos han destruido parte de sus pretiles y jarrones. El agua de lluvia y la del subsuelo ha penetrado al interior provocando daños como caída y pérdida de aplanados. También, en diversas partes de muros y azoteas ha proliferado todo tipo de vegetación parásita.
Aunque tiene gran importancia, a pesar de que se han ejecutado continuamente obras de mantenimiento mayor desde 1953, debido al tamaño del edificio y por el alto costo que esta intervención tendría, aún no se ha llevado a cabo una obra de rescate definitiva. En la actualidad se trabaja en trabajos de sondeos y mediciones de geotecnia y obras de consolidación para retardar el hundimiento. Se estudian también, varias alternativas para llevar a cabo una intervención definitiva para el rescate del Ex convento de san Agustín, posteriormente Biblioteca Nacional, uno de los más importantes inmuebles que constituyen el acervo de edificios históricos de la UNAM. Ojalá que pronto las condiciones y la situación económica en general, permitan el rescate de este estupendo edificio universitario patrimonio artístico de todos los mexicanos.